Oddział Zbiorów Specjalnych (OZS) działa pod przewodnictwem dr. hab. Rafała Wójcika. Wykwalifikowani pracownicy zajmują się gromadzeniem materiałów (przeglądają aukcje, badają rynek antykwaryczny, prowadzą rozmowy z indywidualnymi oferentami), ich opracowaniem, jak również udostępnianiem zainteresowanym użytkownikom w formie tradycyjnej (dyżury w Czytelni Zbiorów Specjalnych i Regionalnych oraz w Czytelni Nova) czy poprzez umożliwienie zdalnego dostępu do materiałów (współpraca z Wielkopolską Biblioteką Cyfrową, budowa platformy cyfrowej Mirabilium Collectio).
Do zadań OZS należy także sprawowanie pieczy nad Narodowym Zasobem Bibliotecznym, który tworzą średniowieczne kodeksy, bezcenne stare druki, na przykład z księgozbioru Andrzeja Frycza Modrzewskiego, czy unikatowe inkunabuły, jak ten z rękopiśmiennym słownikiem Bartłomieja z Bydgoszczy.
OZS tworzy 10 wyspecjalizowanych pracowni oraz wydzielone, unikatowe i niezwykle cenne zbiory i kolekcje (na przykład rękopisy średniowieczne, ikonografia i kartografia Poznania i Wielkopolski, masonica, zbiory regionalne, Archiwum Żydów Poznania i Wielkopolski, zbiory muzyczne, dokumenty życia społecznego, komiksy). Dokumenty znajdujące się w zbiorach specjalnych to w przeważającej części źródła stanowiące znakomity warsztat pracy badawczej, edytorskiej czy bibliograficznej, a opieka nad nimi wpisuje się w ochronę dziedzictwa kulturowego regionalnego, narodowego i europejskiego.
Pracownicy Oddziału w ramach swoich działań nawiązują współprace regionalne, ogólnopolskie i międzynarodowe, wchodząc w skład między innymi Proweniencyjnej Grupy Roboczej, Polskiego Stowarzyszenia Komiksowego czy The Consortium of European Research Libraries (CERL), prowadzą także warsztaty, zajęcia i wykłady dla studentów i doktorantów. Takie aktywności popularyzują wyniki badań naukowych i najnowszy stan wiedzy, a sprzyja im również branie udziału w seminariach, konferencjach, sympozjach, organizowanie wydarzeń i festiwali (na przykład Poznański Festiwal Sztuki Komiksowej) czy obecność w towarzystwach i stowarzyszeniach naukowych (choćby w Polskiej Akademii Nauk).
