Ponurą zapowiedzią represji, jakich mogą się spodziewać obywatele zbuntowanego Poznania ze strony władzy ludowej, były słowa, które padły 29 czerwca z ust ówczesnego premiera, Józefa Cyrankiewicza. Stwierdził on m.in.: „każdy, kto podniesie rękę na władzę ludową, może być pewien, że ręka ta zostanie mu odrąbana”. Surowymi karami groził także, tego samego dnia, na pogrzebie funkcjonariuszy Wojewódzkiego Urzędu ds. Bezpieczeństwa Publicznego i żołnierzy jeden z ówczesnych sekretarzy KC PZPR, Edward Gierek.
Pierwszych zatrzymań dokonywali, jeszcze w trakcie tłumienia protestów, żołnierze z jednostek pacyfikujących Poznań. Następnie, w nocy z 28 na 29 czerwca, funkcjonariusze WU ds. BP i Milicji Obywatelskiej prowadzili, niekiedy z ochroną wojska, zakrojoną na masową skalę akcję mającą na celu wyłapanie najbardziej aktywnych uczestników Poznańskiego Czerwca. Działania te kontynuowano jeszcze przez kilka tygodni od zakończenia walk. Według jednego z raportów Komitetu ds. Bezpieczeństwa Publicznego tylko do 8 sierpnia w związku z wydarzeniami Poznańskiego Czerwca zatrzymano łącznie 746 osób (według ustaleń śledztwa prowadzonego przez prokuratorów IPN łącznie miało ich być „nieco” więcej: 1113). Wobec 323 z zatrzymanych zastosowano areszt i wszczęto śledztwo, pozostałych, po przesłuchaniach w punkcie filtracyjnym na Ławicy, funkcjonującym od 28 czerwca do 5 lipca, zwolniono.
Należy zauważyć, że wielu z zatrzymanych doświadczyło brutalnego traktowania ze strony milicjantów i śledczych. Stosowano wobec nich zarówno przemoc fizyczną, jak i psychiczną, grożąc śmiercią. Przedstawiciele kilku organizacji międzynarodowych apelowali do PRL-owskich władz o powstrzymanie tego rodzaju praktyk i zapewnienie aresztowanym uczciwych procesów. Znamienna dla całokształtu sytuacji w Polsce była początkowa odmowa dopuszczenia zachodnich obserwatorów do uczestnictwa w procesach. Zaniepokojenie, już w ostrym tonie, sformułował Biały Dom. W oświadczeniu z 26 września, a więc tuż przed pierwszymi procesami, wyraził nadzieję, że wszystkim oskarżonym umożliwi się prawdziwą i uczciwą obronę na jawnej rozprawie, bez obawy deportacji na Wschód, co, jak podkreślono, byłoby namacalnym dowodem, że pewne tzw. metody stalinowskie zostały zarówno w praktyce, jak i w teorii odrzucone.
W zmieniającej się sytuacji politycznej naciski okazały się skuteczne i władze polskie zgodziły się na uczestnictwo w procesach nie tylko zachodnich dziennikarzy, ale i przedstawicieli rządów (m.in. pracowników ambasad Francji i Stanów Zjednoczonych) oraz różnych organizacji międzynarodowych.
Rozpoczęcie zapowiadanych początkowo na koniec lipca procesów stopniowo przesuwano. Jedną z przyczyn były przeciągające się śledztwa. Inną – obawa o skutki, jakie mógłby wywołać widok podsądnych noszących wyraźne ślady pobicia. Chciano więc najpierw, aby wszelkie ślady łamania „socjalistycznej praworządności” zniknęły z ciał oskarżonych. Jednemu z aresztowanych zaproponowano nawet operację złamanego nosa. Z czasem przyszłych podsądnych zaczęto lepiej odżywiać i codziennie zmieniać ich odzież.
Władze chciały wykorzystać zbliżające się procesy do udowodnienia społeczeństwu przyjętej wcześniej tezy – że 28 czerwca miał miejsce z jednej strony pokojowy, częściowo uzasadniony protest robotniczy, z drugiej pełen chuligańskiej przemocy, niekiedy z użyciem broni, bunt przeciwko władzy ludowej. Właśnie uczestnicy tego drugiego nurtu mieli być postawieni przed sądem.
Tak jak zmieniał się termin rozpoczęcia procesów, tak też zmieniała się przewidywana liczba podsądnych. Początkowo śledczy przygotowywali 51 procesów, w których zasiąść na ławie oskarżonych miało 135 osób. W niektórych sprawach, uznanych za szczególnie ważne, sporządzono nawet po 2-3 wersje aktów oskarżenia. Ostatecznie doszło jedynie do trzech procesów, w których miano sądzić tych, których wina wydawała się bezsporna i łatwa do udowodnienia. Czynnikiem dodatkowo obciążającym wielu z nich były ich wcześniejsze konflikty z prawem. Był to świadomy zabieg rządzących, chcących przedstawić najbardziej aktywnych uczestników Czerwca jako pospolitych chuliganów lub bandytów. Ten zabieg miał też na celu rzucenie pośrednio cienia na całokształt robotniczego protestu.
Pierwszy ze wspomnianych procesów, zwany potocznie „procesem trzech”, rozpoczął się 27 września 1956 r. w budynku Sądu Wojewódzkiego w Poznaniu, u zbiegu ulic Marcinkowskiego i Solnej. Na ławie oskarżonych zasiedli: Józef Foltynowicz, Kazimierz Żurek i Jerzy Sroka. Zarzucono im współudział w napaści na funkcjonariusza organów bezpieczeństwa kaprala Zygmunta Izdebnego, który wskutek odniesionych obrażeń zmarł. Ponadto Żurkowi przedstawiono zarzut niszczenia akt urzędowych Prokuratury Wojewódzkiej i Sądu Powiatowego, a Sroce – niszczenie wyposażenia opanowanego przez demonstrantów więzienia.
Tego samego dnia rozpoczął się w tym samym budynku „proces dziewięciu”. Oskarżeni w nim zostali: Zenon Urbanek, Józef Pocztowy, Stanisław Jaworek, Ludwik Wierzbicki, Łukasz Piotrowski, Stanisław Kaufmann, Leon Olejniczak, Janusz Biegański oraz Jan Suwart. Czterem pierwszym zarzucono, że dopuścili się „wraz z innymi, nieustalonymi sprawcami gwałtownego zamachu na funkcjonariuszy organów BP znajdujących się w gmachu Wojewódzkiego Urzędu do spraw Bezpieczeństwa Publicznego”, natomiast pozostałym przedstawiono zarzut udzielenia pomocy do „gwałtownego zamachu na funkcjonariuszy BP” poprzez dostarczenie broni i amunicji. Do aktu oskarżenia włączono ponadto sprawę zabójstwa Romana Strzałkowskiego i dwóch innych chłopców, mimo iż materiał zebrany w śledztwie nie pozwalał na sformułowanie zarzutów pod adresem podsądnych.
Ostatni z zaplanowanych procesów, tzw. proces dziesięciu, rozpoczął się 5 października. Na ławie oskarżonych zasiedli: Janusz Kulas, Mikołaj Pac-Pomarnacki, Roman Bulczyński, Władysław Kaczkowski, Hieronim Zielonacki, Marian Joachimiak, Antoni Klimecki, Jan Łuczak, Zygmunt Majcher, Zbigniew Błaszczyk. Oskarżono ich o cały szereg czynów, które nastąpiły w trakcie prowadzenia przez nich walki z żołnierzami LWP, funkcjonariuszami WU ds. BP i akcji przeciwko placówkom MO.
Wydawało się, że oskarżonym we wszystkich trzech procesach mogą grozić bardzo surowe wyroki, tym bardziej że byli oni sądzeni na podstawie małego kodeksu karnego z 1946 r., w myśl którego za zarzucane im przestępstwa groziła kara od 5 lat więzienia do dożywocia lub nawet kara śmierci. Pamiętając, na czym polega „stalinowska sprawiedliwość”, mieszkańcy Poznania byli pełni obaw o los oskarżonych. Niektórzy próbowali nawet, poprzez pisanie anonimów z pogróżkami do prokuratorów i sędziów lub akcję ulotkową, wywrzeć presję na przedstawicieli Temidy. Poznaniacy nie byli w tych działaniach odosobnieni. Zarówno przed rozpoczęciem procesów, jak i w ich trakcie z zagranicy napływały liczne głosy postulujące uczciwe prowadzenie rozpraw i miłosierdzie dla oskarżonych.
Przebieg zarówno „procesu trzech”, jak i dwóch kolejnych: „procesu dziewięciu” i „procesu dziesięciu” zaskoczył obserwatorów. Sędziowie odrzucili w nich zeznania złożone przez podsądnych w śledztwie pod wpływem bicia lub choćby obawy przed pobiciem. Pozwalali również adwokatom oskarżonych na składanie obszernych wyjaśnień, powoływanie biegłych itp. Wspomniani biegli podkreślali psychologiczne uwarunkowania czynów, których dopuścili się podsądni, zwracając uwagę na ich niestabilność emocjonalną spowodowaną młodym wiekiem oraz na ograniczoną poczytalność osób będących pod wpływem rozemocjonowanego tłumu.
Na największe słowa uznania zasłużyli przedstawiciele poznańskiej palestry. Adwokaci (wśród których na specjalne wyróżnienie zasługują: Stanisław Hejmowski, Gerard Kujanek i Michał Grzegorzewicz) stanowczo przeciwstawili się próbom prokuratorów, którzy próbowali oddzielić działania podejmowane przez oskarżonych od kontekstu wystąpień robotniczych, podkreślali pochodzenie robotnicze zdecydowanej większości podsądnych, wskazywali wszelkie luki w materiale dowodowym zgromadzonym przez śledczych. Krótko mówiąc, starali się przedstawić, wbrew zabiegom prokuratorów, toczące się procesy w kontekście społeczno-politycznym. Była to taktyka o tyle skuteczna, że we wrześniu i październiku wyczuwało się już nadchodzące zmiany.
W efekcie wyroki, które zapadły zarówno w „procesie trzech” (Józef Foltynowicz i Jerzy Sroka zostali skazani na 4 lata i 6 miesięcy więzienia, Kazimierz Żurek – 4 lata więzienia), jak i w „procesie dziewięciu” (Zenon Urbanek, Stanisław Jaworek, Ludwik Wierzbicki – 6 lat więzienia, Józef Pocztowy – 3 lata więzienia, Janusz Biegański – 2,5 roku więzienia, Łukasz Piotrowski – 1,5 roku więzienia, Stanisław Kaufmann – 2 lata w zawieszeniu na 5, ponadto Jana Suwarta i Leona Olejniczaka sąd uniewinnił), były znacznie niższe od spodziewanych. Warto dodać, że w „procesie dziesięciu” sędzia, zamiast zapowiedzianego na 22 października ogłoszenia wyroku, najpierw proces wznowił w celu przesłuchania nowych świadków, następnie go odroczył, a wreszcie zaniechał. Wpływ na taką postawę miało bez wątpienia wystąpienie Gomułki, który na VII Plenum KC PZPR stwierdził m.in., że „przyczyny tragedii poznańskiej i głębokiego niezadowolenia całej klasy robotniczej tkwiły w nas, w kierownictwie partii, w rządzie”. Taka wykładnia dokonana przez „towarzysza Wiesława” de facto zamykała możliwość kontynuowania represji.
Zobacz też: Prof. Stanisław Jankowiak. Ceglorz wychodzi na ulice