Wersja kontrastowa

AMUNATCOLL otwiera okno na świat

prof. Bogdan Jackowiak czuwa nad realizacją projektu AMUNATCOLL, fot. Adrian Wykrota
prof. Bogdan Jackowiak czuwa nad realizacją projektu AMUNATCOLL, fot. Adrian Wykrota

Trwa digitalizacja cennych zbiorów przyrodniczych Wydziału Biologii UAM, kolekcjonowanych od kilkuset lat. O  projekcie AMUNATCOLL z prof. Bogdanem Jackowiakiem rozmawia Ewa Konarzewska-Michalak.

Projekt AMUNATCOLL (od Adam Mickiewicz University Nature Collections) polegający na digitalizacji zbiorów przyrodniczych Wydziału Biologii UAM jest olbrzymim przedsięwzięciem. Co było największym wyzwaniem?

Pierwsze wyzwania pojawiły się już na etapie pisania wniosku, nad którym prace rozpoczęły się pod koniec mojej kadencji dziekana czyli 5 lat temu. Z  powodu specyficznych wymagań konkursowych trzykrotnie przystępowaliśmy do składania wniosku. Uzyskanie dofinansowania w ramach Programu Operacyjnego Polska Cyfrowa nie jest łatwe. Pierwszą trudnością było zinwentaryzowanie zbiorów, które ostatecznie oszacowaliśmy na 2 mln okazów, reprezentujących wszystkie grupy organizmów. Drugim istotnym problemem było rozpoznanie potencjalnych użytkowników takiej bazy danych. Wiedzieliśmy, że efekty naszej pracy powinny w  pierwszym rzędzie służyć naukowcom, w  tym doktorantom i  studentom, prowadzącym badania na materiale biologicznym. Gdybyśmy jednak ograniczyli grupę odbiorców tylko do naukowców, to prawdopodobnie nie otrzymalibyśmy dofinansowania. W  sposób naturalny potencjalnym użytkownikiem jest cały sektor edukacyjny – nauczyciele i  uczniowie. Kolejna grupa to osoby, zajmujące się ochroną przyrody oraz służby graniczne, na co dzień mające do czynienia z przemytem okazów. Badania ankietowe potwierdziły to zainteresowanie. Zakładaliśmy też, że nasza baza nie będzie nowym rodzajem Wikipedii, czy innych portali, w których często podawane są błędne informacje. Chcemy się wyróżniać rzetelnością i przekazywać informacje może nie tak efektowne, ale sprawdzone. Myślę, że dla Ministerstwa Cyfryzacji ważnym atutem była nasza wieloletnia współpraca z Instytutem Chemii Bioorganicznej PAN, przy którym afiliowane jest Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe. PCSS to przecież jedna z najlepszych instytucji informatycznych w Polsce, zarówno pod względem infrastrukturalnym, jak i programistycznym.

 

Ile osób pracuje nad projektem?

Postawiliśmy sobie ambitny cel. Utworzenie i  wprowadzenie do bazy 2 mln rekordów to codzienna, żmudna praca ponad 60 osób. To bardzo odpowiedzialna grupa pracowników wydziału i osób specjalnie zatrudnionych. Na jej czele są naukowcy merytorycznie odpowiedzialni za kształt powstającego systemu i  każdą informację, która wpłynie do bazy, a  jednocześnie są organizatorami procesu digitalizacji. Kluczową rolę odgrywają: prof. Jerzy Błoszyk, dr Maciej Nowak, prof. Piotr Szkudlarz, prof. Justyna Wiland-Szymańska z  Wydziału Biologii oraz dr Marcin Lawenda i  dr Norbert Meyer z  PCSS. Mam przyjemność kierowania projektem, moją asystentką jest Magdalena Dylewska. Sprawami finansowymi zajmuje się Dorota Obiegała, a kadrowymi Maria Jaraszkiewicz. Dużo czasu pochłania sprawozdawczość miesięczna i kwartalna. Co kwartał przygotowujemy wniosek o dofinansowanie, który z jednej strony zawiera szczegółowe sprawozdanie z tego, co zostało wykonane, z drugiej natomiast plan na następny okres. Formą akceptacji wniosku jest kolejna transza finansowa. Dodam przy tym, że na realizację 3-letniego projektu pozyskaliśmy blisko 11 mln złotych.

 

Jaki sprzęt został zakupiony?

Zaletą projektu jest to, że nie musieliśmy kupować twardego sprzętu informatycznego, ponieważ dysponuje nim PCSS, z którym współpracujemy. Do samego procesu digitalizacji zakupiliśmy 2 specjalistyczne skanery, szereg mikroskopów oraz komputery. Korzystamy z Wydziałowej Pracowni Mikroskopowej, wyposażonej m.in. w mikroskop skaningowy i elektronowy.

Spreparowany okaz owada z rodzaju Złotolitka. Zdjęcia wykonano przy pomocy mikroskopu stereoskopowego OLYMPUS SZX16, kamery cyfrowej OLYMPUS DP74 oraz oprogramowania OLYMPUS cellSens Dimension (ver. 2.1).

 

Zbiory, jakie się znajdują na wydziale, są gromadzone od XIX wieku…

… a nawet od przełomu XVIII i XIX wieku. W zbiorach mamy wiele cennych okazów typowych, czyli takich, na podstawie których po raz pierwszy na świecie opisano dany gatunek. Dotyczy to szczególnie zwierząt z grupy roztoczy. Poznań słynie ze znakomitej grupy akarologów, specjalistów zajmujących się tymi zwierzętami, ale nie tylko ta kolekcja jest unikatowa. Na wydziale pracował prof. Stanisław Lisowski, który spędził w Afryce ponad 20 lat, skąd przywiózł bogatą kolekcję botaniczną, w tym też wiele okazów typowych. Jest taka zasada, że kiedy biolog zbiera okaz nowego dla wiedzy gatunku, to w opisie musi wskazać miejsce, w którym go składa – bardzo często tym miejscem jest Wydział Biologii. W ten sposób promujemy też naszą jednostkę na całym świecie.

 

Zbiory są bardzo szerokie, nie ma drugich takich w Polsce, a nawet w Europie, czy tak?

Są one szerokie i  różnorodne w  takim znaczeniu, że mamy przedstawicieli wszystkich ważniejszych grup systematycznych, mówiąc na poziomie najbardziej ogólnym – glonów, roślin, grzybów, porostów i  zwierząt. Nasze kolekcje akarologiczne i  malakologiczne są jednymi z  najbogatszych w Europie. Kolekcja roślin afrykańskich prof. Lisowskiego jest porównywalna z  największymi na świecie zebranymi przez jednego autora. Zgromadziliśmy też m.in. unikatowe zbiory prof. Józefa Paczoskiego – doktora honoris causa naszego uniwersytetu.

 

W jaki sposób będzie można korzystać z bazy w terenie?

Nasz system informatyczny składa się z dwóch komponentów – portalu, poprzez który będziemy mieli wgląd we wszystkie informacje o okazach, a także będziemy mogli wyszukiwać, porównywać, analizować dane oraz z aplikacji mobilnej. Przy jej pomocy będzie można gromadzić w terenie informacje i przesyłać na portal. Aplikacja ta będzie służyła zarówno naukowcom, jak i wszystkim miłośnikom przyrody. Na przykład wykonane zdjęcie drzewa, owada czy grzyba razem z opisem będzie można wysłać na portal i indywidualnie lub we własnej grupie roboczej zająć się jego opracowaniem przy pomocy wielu narzędzi, w tym narzędzi GIS. Jest to pomyślane m.in. pod kątem pracy nauczycieli i uczniów. Takie dane mogą, jeśli będą bardzo wartościowe, trafić do głównej bazy, ale mogą też funkcjonować niezależnie.

Warto dodać, że oprócz okazów mamy również na wydziale zasoby slajdów, zdjęć, filmów i  nagrań o  wartości archiwalnej i  edukacyjnej. To unikalny materiał zbierany na wszystkich kontynentach przez wielu badaczy, w określonym czasie, przy pomocy środków technicznych, które w danym momencie były dostępne.

 

Czy baza będzie dostępna dla wszystkich?

Tak, to jest podstawowa zasada naszego projektu. Każdy będzie mógł korzystać z niej w sposób otwarty. W odniesieniu do naukowców włączamy się w  system międzynarodowy. Właśnie został zaakceptowany nasz wniosek do Global Biodiversity In formation Facility (GBIF), organizacji skupiającej najważniejsze instytucje naukowe świata. Jest to swego rodzaju węzeł, za pośrednictwem którego można udostępniać zbiory przyrodnicze. Poprzez GBIF naukowcy dowiadują się m.in., w jakiej instytucji mogą znaleźć informacje na temat wybranych gatunków. Ta funkcja ułatwia prace systematykom, którzy zajmują się opisywaniem i klasyfikowaniem organizmów. Ich praca polega m.in. na wyjazdach do muzeów, gdzie gromadzone są okazy. Zdarzało się, że przemierzali tysiące kilometrów, by na miejscu stwierdzić, że poszukiwana grupa organizmów jest słabo reprezentowana. Teraz mogą sprawdzić to w dostępnej bazie i zaplanować efektywny wyjazd. W tym znaczeniu nasz projekt ma też wymiar ekonomiczny.

Okaz typowy gatunku (Dewildemania upembensis) odkrytego przez Profesora Stanisława Lisowskiego i zdeponowanego w Zbiorach Przyrodniczych Wydziału Biologii

 

Ile zbiorów już zdigitalizowano?

Ponad połowę tj. ok. 1 mln 300 tys. rekordów. Ze względu na pandemię musieliśmy zmienić organizację pracy, mamy bowiem ograniczony dostęp do zbiorów. Od marca pracowaliśmy w systemie całkowicie zdalnym, a teraz w ograniczonym zakresie pracujemy stacjonarnie. Taki system utrudnia obrazową digitalizację, która musi być wykonana na miejscu. Jeśli jednak nic złego się nie wydarzy, to baza będzie gotowa pod koniec lipca 2021 r. Będzie miała swoje lustra w trzech różnych miejscach, na dwóch oddzielnych stanowiskach w  PCSS i  dodatkowo na serwerach w  siedzibie Instytutu Chemii Bioorganicznej PAN. Objętość całego zbioru danych szacujemy na 960TB – to naprawdę wielki zasób informacji.

 

Czym dla pana jest ten projekt?

Po 8 latach kierowania Wydziałem Biologii, który osiągnął sporo sukcesów, także w  realizacji różnorodnych projektów, z  osiągnięciem miana Krajowego Naukowego Ośrodka Wiodącego na czele, jest to dla mnie kolejne doświadczenie pracy zespołowej z dużą grupą ludzi. Współpraca jest bardzo dobra – mamy wspólny cel i intensywnie pracując, staramy się go osiągnąć. Każde przedsięwzięcie, które realizowałem, miało w sobie ten pierwiastek współpracy, moim zdaniem najważniejszy. Żałuję, że mamy teraz tak trudną sytuację społeczną, gdyż bardzo brakuje spotkań całej grupy. Kolejna ważna dla mnie sprawa to świadomość, że zbiory przyrodnicze już na zawsze przyjmują nowoczesną formę. Otwieramy okno na świat zbiorom, które tworzyli nasi nauczyciele, a wcześniej ich nauczyciele – wielopokoleniowa grupa przyrodników, związanych z ośrodkiem poznańskim. Dzięki projektowi uruchamiany wszelkie możliwości tego bogactwa, chcemy pokazać i udostępnić go światu.

 

Zobacz też: Prof. Paweł Szymkowiak. Tajemnicza sieć pająka

Nauka Wydział Biologii
Zobacz podobne

Ten serwis używa plików "cookies" zgodnie z polityką prywatności UAM.

Brak zmiany ustawień przeglądarki oznacza jej akceptację.